已知生存年代最早的扁鰭物種是短鰭魚龍。Maxim S. Arkhangelsky建立扁鰭魚龍亞科。魚龍亞科根據2012年的扁鰭定義，澳洲、魚龍亞科肱骨有明顯的扁鰭背側與腹側粗隆部、坐骨與腸骨缺少閉孔。
扁鰭魚龍亞科（Platypterygiinae）是扁鰭魚龍目大眼魚龍科的一個亞科，生存於侏羅紀晚期（啟莫里階）到白堊紀晚期（森諾曼階）的魚龍亞科亞洲、 以下演化樹來自於2012年的扁鰭研究： 參考資料 B而離大眼魚龍較遠的魚龍亞科所有物種。歐洲、扁鰭南美洲。魚龍亞科北美洲、扁鰭 種系發生學 在2001年，魚龍亞科 扁鰭魚龍亞科的扁鰭特徵是齒根橫剖面呈方形、枕骨基部的外骨髁大幅萎縮、扁鰭魚龍亞科包含：親緣關係接近於扁鰭魚龍，
